Это скорее подсказка, чем полный ответ:
library(plotly)
plot_ly(z = ~volcano) %>% add_surface()
- хороший способ для создания таких графиков. Итак, для вашего примера:
x <- c(10L, 20L, 30L, 40L, 50L, 60L, 70L, 80L, 90L, 100L, 30L, 40L,
50L, 60L, 70L, 80L, 90L, 100L, 50L, 60L, 70L, 80L, 90L, 100L,
70L, 80L, 90L, 100L, 90L, 100L)
y <- c(10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 20L, 20L,
20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 30L, 30L, 30L, 30L, 30L, 30L,
40L, 40L, 40L, 40L, 50L, 50L)
z <- c(6.093955007, 44.329214443, 149.103755156, 351.517349974,
726.51174655, 1191.039562104, 1980.245204702, 2783.308022984,
6974.563519067, 5149.396230019, 142.236259009, 321.170609648,
684.959503897, 1121.475597135, 1878.334840961, 2683.116309688,
4159.60732066, 5294.774284119, 687.430547359, 1119.765405426,
1876.57337196, 2685.951176024, 3945.696884503, 5152.986796572,
1870.78724464, 2677.744176903, 3951.928931107, 5160.295960254,
3957.503273558, 5147.237754092)
library(plotly)
m <- matrix(c(x,y,z), nrow = 3)
plot_ly(z = ~m) %>% add_surface()
производит

.. это первый шаг, но все еще есть некоторые проблемы с масштабированием оси x. Я думаю, что ключом к решению является установка всей (разреженной) матрицы и затем ее построение.
x <- c(10L, 20L, 30L, 40L, 50L, 60L, 70L, 80L, 90L, 100L, 30L, 40L,
50L, 60L, 70L, 80L, 90L, 100L, 50L, 60L, 70L, 80L, 90L, 100L,
70L, 80L, 90L, 100L, 90L, 100L)
y <- c(10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 10L, 20L, 20L,
20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 20L, 30L, 30L, 30L, 30L, 30L, 30L,
40L, 40L, 40L, 40L, 50L, 50L)
z <- c(6.093955007, 44.329214443, 149.103755156, 351.517349974,
726.51174655, 1191.039562104, 1980.245204702, 2783.308022984,
6974.563519067, 5149.396230019, 142.236259009, 321.170609648,
684.959503897, 1121.475597135, 1878.334840961, 2683.116309688,
4159.60732066, 5294.774284119, 687.430547359, 1119.765405426,
1876.57337196, 2685.951176024, 3945.696884503, 5152.986796572,
1870.78724464, 2677.744176903, 3951.928931107, 5160.295960254,
3957.503273558, 5147.237754092)
xx <- 1:100L
yy <- 1:100L
zz <- matrix(0, nrow = 100, ncol = 100)
for (i in 1:length(x)){
zz[x[i], y[i]] <- z[i]
}
library(plotly)
plot_ly(z = ~zz) %>% add_surface()
производит

, что в основном соответствует вашим данным ..
Надеюсь, я смогу это понять.
И надеюсь, это поможет.