После проверки вашего репозитория github я обнаружил, что папка html-css была создана как подмодуль. Причина в том, что в html-css есть папка .git, и поэтому github вместо этого добавляет html-css в качестве подмодуля.
Что вы должны были сделать, это очистить папку, удалив остальную папку .git в подпапках перед нажатием.