Вы, вероятно, не используете ту же установку Python в Pycharm и в вашей консоли.Вы дважды проверили настройки проекта?
Если вы просто хотите установить numpy, вы можете создать файл require.txt и добавить в него numpy, pycharm предложит установить его, если это еще не сделано.
В качестве альтернативы, вы можете использовать venv