Предполагая, что ваше приложение фляги настроено правильно, чтобы служить значку, который вы должны просто сделать
<link rel="shortcut icon" href="favicon.ico"/>
При использовании колбы каталоги на вашем сервере не соответствуют пути в URL. (Если вы не настроите это так).