Если вам нужна надлежащая поддержка WAS, вам следует использовать набор инструментов Rational. RAD / RSA и их братья оптимизированы для Websphere (как и следовало ожидать, учитывая, что они оба от IBM).
Вы можете сделать это с базовым Eclipse (я бы использовал «реальное» Eclipse, а не myeclipse), но самая простая настройка будет с Rational. Вы, возможно, не хотите тратить деньги, однако.
Это стоит своих затрат, поскольку поставляется в комплекте с тестовыми средами WAS и может автоматически развертываться в других экземплярах WAS (например, в средах тестирования системы).
RAD 7.5 поддерживает WAS 7, так что я бы пошел на это. RAD 7 поддерживает только до WAS 6.1.