Спасибо vsDeus за этот вопрос. У меня была та же проблема с Linux Mint Mate 19.1, и ничего не получилось с tkinter и некоторыми другими модулями, работающими в Pycharm CE. В Eclipse с Pydev все работало просто отлично, но по какой-то причине я предпочел бы работать в Pycharm при кодировании, чем в Eclipse.
Шаги, изложенные здесь, мне не помогли, но шаги, которые он предпринял, дали мне решение. В основном мне пришлось удалить Pycharm, удалить все его файлы конфигурации, затем переустановить pip3, tkinter, а затем переустановить Pycharm CE. Наконец, я снова открыл ранее сохраненные проекты и затем установил правильный интерпретатор.
Когда я пытался изменить интерпретатор python до того, как альтернативы не появилось. После всех этих шагов выбор стал доступен. Самое главное, что теперь tkinter, matplotlib и другие модули, которые я хотел использовать, доступны в Pycharm.