Проблема связана с самим расширением Python VS Code. Существует несколько проблем, связанных с этим открытием в репозитории: # 3354 , # 3343 , # 3330 , и над этими проблемами ведется работа, см. # 3374 .
Причина, насколько я понимаю, заключается в том, что в этом случае - и в некоторых других случаях - среда anaconda не активируется перед выполнением команды. Ситуации, когда среда активирована, например, открытие терминала Python или запуск файла в терминале Python, но это также должно произойти для Jupyter, Tests и так далее.
Хотя теоретически добавление папки Scripts
в PATH, как упоминал Дэвид, могло бы помочь, в моем случае это не помогло. Этого может быть недостаточно для правильного отражения того, что происходит при активации.
Полагаю, нам придется подождать, пока эта проблема будет решена в репо, но если кто-то найдет обходной путь, я буду счастлив.