Одна из причин использования серверного элемента управления для вставки ссылки JavaScript состоит в том, что легче контролировать, какие файлы JavaScript добавляются на страницу. Представьте себе сценарий, в котором вы используете ядро jQuery, а также пользовательский интерфейс jQuery и несколько других плагинов. В зависимости от того, как вы закодировали этот элемент управления, вы можете позволить разработчику легко выбирать, какие функции необходимы для конкретной страницы, не беспокоясь о конкретных необходимых скриптах. Такой подход обеспечит вам большую гибкость для сегментирования вашего приложения: например, серверный элемент управления может использоваться главными страницами, дочерней страницей, пользовательскими элементами управления или другим серверным элементом управления. Если на главной странице зарегистрировано требование для одной библиотеки jQuery, но для дочерней страницы или одного из пользовательских элементов управления требуются дополнительные библиотеки, то объединенный API-интерфейс упрощает эту задачу. Лично я считаю, что это лучше всего обрабатывать вспомогательной библиотекой, а не серверным элементом управления.
Суть в том, сколько вы хотите, чтобы каждый разработчик заново изобрел колесо или использовал общий, простой в использовании API, который обеспечивает единообразие в ваших приложениях.