Я бы, наверное, выбрал решение Маркуса, так как оно работает в общем случае.
Альтернативный, гораздо более простой подход заключается в том, чтобы имя файла начиналось с ".", По умолчанию все файлы с этим префиксом скрыты в Eclipse (например, файлы .project и .classpath в каждом проекте).