Вы не сможете JavaScript обрезать изображения, нет. Они никогда не имеют к ним доступа. Нет, если вы сначала не загрузите их, а затем отправите их с сервера.
Лучше всего было бы загрузить изображения как обычно, сделать так, чтобы PHP отправил их обратно на страницу, использовать JavaScript, чтобы позволить пользователю выбрать часть изображения, которую он хочет видеть, отправить эти данные обратно в PHP и получить PHP сделать фактическое подрезание.
По крайней мере, я бы к этому подошел.
Конечно, вы можете использовать методы на стороне клиента, такие как Flash и Java, для обрезки на стороне клиента и отправки полностью обрезанных изображений на сервер. Но я не буду притворяться, что узнаю подробности о том, как это сделать.