Ввод моей функции состоит из двух матриц mat1 и mat2 и количества перестановок B. И mat1, и mat2 имеют m столбцов, но различное количество строк.
Функция сначала переставляет строки обеих матриц (при сохранении информации о столбцах). Затем он выполняет некоторую операцию, которая сравнивает столбцы переставленных версий mat1 и mat2.
Ниже приведен пример моей функции permute_data. Функция сравнения CompareMatCols() выводит вектор длины m.
Вопрос
Каков наилучший способ инициализации моего объекта списка вывода? Я видел несколько постов, указывающих на ограничения push_back. И B и m будут порядка ~ 10000, поэтому эффективный способ будет идеальным.
#include <Rcpp.h>
#include <math.h>
//#include <random> //for std::shuffle
using namespace std;
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericVector ColMax(NumericMatrix X) {
NumericVector out = no_init(X.cols());
for(int j = 0; j < X.cols(); ++j) {
double omax = X(0,j);
for(int i = 0; i < X.rows(); ++i){
omax = std::max(X(i,j),omax);
}
out[j] = omax;
}
return out;
}
// [[Rcpp::export]]
NumericVector vecmin(NumericVector vec1, NumericVector vec2) {
int n = vec1.size();
if(n != vec2.size()) return 0;
else {
NumericVector out = no_init(n);
for(int i = 0; i < n; i++) {
out[i] = std::min(vec1[i], vec2[i]);
}
return out;
}
}
// [[Rcpp::export]]
List permute_data(NumericMatrix mat1,NumericMatrix mat2,int B) {
List out(B); // How to initialize this???, Will be large ~10000 elements
int N1 = mat1.rows();
int N2 = mat2.rows();
int m = mat1.cols(); //Will be large ~10000 elements
// Row labels to be permuted
IntegerVector permindx = seq(0,N1+N2-1);
NumericMatrix M1 = no_init_matrix(N1,m);
NumericMatrix M2 = no_init_matrix(N2,m);
for(int b = 0; b<B; ++b){
// Permute the N1+N2 rows
/*std::random_device rng;
std::mt19937 urng(rng()); //uniform rng
std::shuffle(permindx.begin(),permindx.end(),urng);*/
permindx = sample(permindx,N1+N2); //Use Rcpp's function to work with R's RNG
for(int j=0; j<m; ++j){
// Pick out first N1 elements of permindx
for(int i=0; i<N1; ++i){
if(permindx[i]>=N1){ //Check that shuffled index is in bounds
M1(i,j) = mat2(permindx[i],j);
} else{
M1(i,j) = mat1(permindx[i],j);
}
}
// Pick out last N2 elements of permindx
for(int k=0; k<N2; ++k){
if(permindx[k+N1]<N1){ //Check that shuffled index is in bounds
M2(k,j) = mat1(permindx[k+N1],j);
} else{
M2(k,j) = mat2(permindx[k+N1],j);
}
}
}
out[b] = vecmin(ColMax(M1),ColMax(M2)); //a vector of length m
}
return(out);
}
/***R
set.seed(1)
X = matrix(rnorm(3*5),ncol=5)
Y = matrix(rnorm(5*5),ncol=5)
B = 5
res = permute_data(X,Y,B)
*/
Редактировать: Добавлены строки в адрес точки @ Duckmayr.
Изменить 2: По предложению Дирка, я включил минимально полный проверяемый пример.