Используйте sp_MSforeachtable
системную процедуру (недокументированную) для циклического перебора всех таблиц:
EXEC sp_MSforeachtable @command1="alter table ? add primary key (col_name1, col_name2)"
GO
Убедитесь, что у вас не определены первичные ключи, чтобы они могли работать гладко. Это может занять некоторое время!