C # имеет репутацию проще вызывать в нативный код. Однако подавляющее большинство манипуляций с Git может быть выполнено с помощью «слесарных» команд и простых конвейеров; поэтому я не думаю, что для большинства нужд потребуется выполнение нативного кода.
Git немного сложнее установить в Windows; но это неоправданная стоимость и не имеет большого значения в долгосрочной перспективе. (Вы также можете использовать Mono в Linux.)
Итак, я бы сказал нет; выбор между C # и Ruby должен сводиться к внешним факторам, таким как язык, на котором вы сильнее, или предпочитаемый вами каркас