.MSI файлы могут успешно работать в нескольких ОС.
Одна оговорка - 32-битная или 64-битная: вам придется выбрать, хотите ли вы изначально поддерживать 64-битную Windows. Ваши варианты:
1) Один файл .MSI для 32-разрядных и 64-разрядных. Вы бы пометили пакет как 32-битный в потоке сводной информации. Файлы будут устанавливаться на 32-битные эквивалентные цели в 64-битной Windows. (например, программные файлы (x86), 32-битный HKLM / Software / WOW64 и т. д.)
2) Два файла .MSI, по одному для 32-разрядных и 64-разрядных файлов. Различный сводный информационный поток для каждого пакета. Таким образом, 64-битные цели будут собственными 64-битными в 64-битной Windows. (например, программные файлы, HKLM / программное обеспечение и т. д.)
Дополнительные сведения: Использование 64-разрядных пакетов установщика Windows