Для этого можно использовать модуль xlsx-populate , например:
const XlsxPopulate = require('xlsx-populate');
XlsxPopulate.fromBlankAsync().then(workbook => {
workbook.sheet("Sheet1").cell("A1").value("Some sample text");
return workbook.toFileAsync("./test.xlsx", { password: "$secret_password" });
});
Полученная рабочая книга потребует от пользователя ввести правильный пароль, если он хочет получить доступэто.