Во-первых, вы говорите, что хотите, чтобы он выходил из JVM независимо от того, выполнено ли условие или нет, что сделает цикл while бесполезным, поскольку первая итерация гарантирует завершение для любого случая (и того способа, которым вы его используете в настоящее время). застрянет в цикле и никогда не выполнит следующую строку), поэтому вы можете полностью удалить его.
Во-вторых, вам необходимо заключить круглые скобки в логическое выражение в условии if в java.
То, что вы хотите сделать для своего метода, может выглядеть немного больше так:
public void run() {
if (MerkleManager.sMerkleRoot != null && MerkleManager.sMerkleRoot == inputRoot) {
System.out.println("You won");
}
else {
System.out.println("You lose");
}
System.exit(0);
}