Для этого вам нужно принудительно установить JS веб-сайта, поскольку всплывающее окно не является статическим контентом, поэтому Jsoup не получает его. Поэтому вам нужно использовать Selenium для принудительной JS и получения динамического содержимого.
Если это модальное всплывающее окно, я думаю, вам нужно нажать на кнопку, чтобы загрузить его, способ сделать это с помощью Selenium для Java заключается в следующем:
WebDriver webDriver = new FirefoxDriver();
JavascriptExecutor js = (JavascriptExecutor)webDriver;
webDriver.get(URL);
WebDriverWait webDriverWait = new WebDriverWait(webDriver, 15); // wait 15 seconds
WebElement button = webDriver.findElement(By.id("id of the button that triggers the modal"));
js.executeScript("arguments[0].click();", button);
webDriverWait.until(ExpectedConditions.visibilityOfElementLocated(By.name("loginPopupform")));
String fullHtml = webDriver.getPageSource();
Надеюсь, это помогло вам! Не стесняйтесь спрашивать меня о чем-нибудь еще!