Иметь надежный компьютер, который может проверять различные библиотеки и исполняемые вами файлы и автоматически их компилировать. Храните их в доступном только для чтения месте. Затем выполните бинарное сравнение между развернутым сайтом и вашим сайтом сравнения.
Однако я не уверен в логике разборки выполненных блоков. Моя компания и большинство других известных мне мест используют комбинацию сборочного компьютера и модульного тестирования. В нашей компании исполняемый нами EXE-файл представляет собой очень тонкую оболочку над множеством библиотек. Например, нажатие кнопки будет передано в UI Active X DLL, которая выполняет фактическую обработку. После сборки мы запускаем специальный EXE-файл, который выполняет наш список модульных тестов. Если они все прошли, мы знаем, что наши библиотеки, в которых 90% нашего кода, хороши. Что касается самого EXE-файла, то у нас есть ручная процедура, которая занимает около двух часов, а потом все хорошо. В редких случаях случаются ошибки в EXE.