Это разные стартеры (от разных команд), предоставляющие разные функции, поэтому нет правильного или неправильного ответа.
Если вы уже используете graphql-java-tools, вы, вероятно, захотите перейти на com.graphql-java-kickstart:graphql-spring-boot-starter, так как они предназначены для совместного использования.
Если вы используете чистый graphql-java (или еще ничего не используете, и хотите разработать схему в первую очередь), вам, вероятно, следует перейти на com.graphql-java:graphql-spring-boot-starter.
Если вы хотите предоставить существующие сервисы Spring как можно быстрее, используйте graphql-spqr-spring-boot-starter, который сгенерирует схему GraphQL и конечную точку для вас, без необходимости в дополнительном коде. Вот пример проекта здесь . Я главный автор этого проекта, так что это бесстыдный плагин.