Анаконда Пандас перестала читать hdf-файл на Python 3.6.x - PullRequest
Новая
       84

Анаконда Пандас перестала читать hdf-файл на Python 3.6.x

0 голосов
/ 18 января 2019

Я использую среду Anaconda с Python 3.6.8, созданную с conda create -n temp pandas pytables h5py python=3.6.8. Когда я пытаюсь прочитать файл .h5, например: 

f = pd.read_hdf(filename, key)

Я получаю ValueError исключение: 

Traceback (most recent call last):
  File "read_data.py", line 6, in <module>
    f = pd.read_hdf(filename, key)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 394, in read_hdf
    return store.select(key, auto_close=auto_close, **kwargs)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 741, in select
    return it.get_result()
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 1483, in get_result
    results = self.func(self.start, self.stop, where)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 734, in func
    columns=columns)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 2928, in read
    ax = self.read_index('axis%d' % i, start=_start, stop=_stop)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 2523, in read_index
    _, index = self.read_index_node(getattr(self.group, key), **kwargs)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py", line 2621, in read_index_node
    data = node[start:stop]
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/tables/vlarray.py", line 685, in __getitem__
    return self.read(start, stop, step)
  File "/home/fauzanzaid/anaconda3/envs/temp/lib/python3.6/site-packages/tables/vlarray.py", line 821, in read
    listarr = self._read_array(start, stop, step)
  File "tables/hdf5extension.pyx", line 2155, in tables.hdf5extension.VLArray._read_array
ValueError: cannot set WRITEABLE flag to True of this array

Эта проблема исчезнет, ​​если я использую среду с Python 3.7 или 3.5. Тем не менее, мне нужно использовать Python 3.6.

Как я могу устранить эту ошибку?

1 Ответ

0 голосов
/ 05 февраля 2019

Я понизил numpy до 1.14.3 с помощью команды ниже, и у меня это сработало:

pip3 install numpy == 1.14.3

...