Мы создаем индекс вместе с условием, является ли он duplicated
i1 <- with(fitness_calculations, individual == "nnn/nn/nn/nn" & gen_check == 2)
i2 <- !duplicated(i1) & i1
fitness_calculations$gen_check[i2] <- 3
fitness_calculations
# individual gen_check acc loss
#1 nnn/nn/nn/nn 3 0.9889 0.0112
#2 nnn/n/nn 2 0.7845 0.3451
#3 nnn/nn/nn/nn 2 0.5640 0.4231
Или другой вариант - обернуть с which
и извлечь только первый индекс
i2 <- which(i1)[1]
fitness_calculations$gen_check[i2] <- 3
Данные
fitness_calculations <- structure(list(individual = c("nnn/nn/nn/nn",
"nnn/n/nn", "nnn/nn/nn/nn"
), gen_check = c(2L, 2L, 2L), acc = c(0.9889, 0.7845, 0.564),
loss = c(0.0112, 0.3451, 0.4231)), class = "data.frame", row.names = c("1",
"2", "3"))