Что-то в вашем коде или в коде, который вы используете, пытается импортировать flask.ext или flask.exthook, которого больше нет в Flask 1.0. Они были полностью удалены после того, как их явно осуждали как минимум в течение года, и неявно осуждали в течение многих лет до этого. Все, что от него зависит, должно быть обновлено.
Любое использование from flask.ext import ... должно быть заменено прямым импортом расширения. Например flask.ext.sqlalchemy становится flask_sqlalchemy.
Единственная причина для импорта from flask.exthook import ExtDeprecationWarning - заставить замолчать предыдущие предупреждения об устаревании. Поскольку он больше не существует, нет никаких предупреждений о тишине, и этот код можно удалить.