Трудно сказать, как решить вашу проблему, поскольку вы не говорите, что это такое, но обычно:
var q = from i in Context.Invoices
select new
{
Number = i.Number,
ItemNumbers = from il in i.Lines
select il.Number
}
LINQ to Entities объединяет нули, поэтому вы получаете пустую коллекцию, если нет позиций в счете-фактуре.
Теперь это дает график, а не табличный набор результатов. Я предпочитаю, что это то, что вам нужно, поскольку при работе в LINQ to Entities вы обычно хотите работать с объектами, а не с табличными результатами SQL. Но, как вы сказали, трудно быть более конкретным, не зная, какую именно проблему вы пытаетесь решить.