Я делаю это на нескольких машинах, начиная от старых коробок Solaris 8 до Mac OS X, и у меня действительно простая компоновка:
В моем хранилище есть следующее:
<root>/common
/.emacs.d
/.bash_common
/scripts # platform-independent binary tools
<root>/linux
.bashrc
.emacs
...
<root>/solaris
.bashrc
.emacs
...
<root>/osx
.bashrc
.emacs
...
Каждый из домашних папок ОС имеет ссылку svn: externals на .emacs.d, .bash_common и сценарии, поэтому они не дублируются.
Кроме того, у меня есть каталог .bash_hostconfig в каталогах linux и solaris с конфигурацией пути, специфичной для хоста, и тому подобное, потому что у меня совсем другие настройки на работе, чем дома (FC5-8 и RHEL3-5, в зависимости на том, где я нахожусь).
Итак, между этими вещами у меня есть довольно простой процесс установки и запуска на новом компьютере: я просто извлекаю платформу / $ во временный каталог, а затем перезаписываю все в $ HOME этими файлами. Мне не нужно сохранять исходный путь, потому что он всегда относительно $ HOME таким образом.