Вы должны попытаться указать полный путь в вашей конфигурации. Например, это мой конфиг на Linux, и это работает:
[commit]
template = /home/mmauksch/.gitmessage
Что в вашем случае, вероятно, должно быть:
[commit]
template = C:/Users/myUser/.gitmessage
потому что есть большая вероятность, что концепция ~
как "домашний каталог текущего пользователя" не имеет смысла в контексте Windows.