Вам не нужно экспортировать имена полей в отдельный файл, если вы не используете действительно старую версию Монго.
Попробуйте это
mongoexport --db users --collection contacts --type=csv -f email,name --out /opt/backups/contacts.csv
Убедитесь, что между именами полей нет пробелов
-f email, name // this is wrong
Если эта команда работает, значит, у вас проблема с полевым файлом.