Они битовые флаги, поэтому
filesystem::copy(pathInput, pathOutput, filesystem::copy_options::recursive | filesystem::copy_options::overwrite_existing)
Чтобы добавить дополнительные детали, на более низком уровне каждый флаг является битом (вкл / выкл) в целом числе, так что ...
01 = перезаписать 10 = рекурсивно 11 = оба 00 = нет
| Оператор является двоичным или равен true, если бит (или оба) равен true, поэтому:
01 | 10 = 11
00 | 11 = 11
11 | 11 = 11
00 | 00 = 00