У меня есть собственная сборка Subsonic 3.0, работающая на .Net CF. Это было не слишком сложно - в основном просто устранение некоторых перегрузок методов, замена некоторых предположений на стороне Linq и разработка пользовательской сборки Queryable и System.Linq.Expressions из проекта Mono.