Вы можете преобразовать слова в нижний регистр, а затем сосчитать их. Итак, ваш код меняется на что-то вроде этого.
file=open("phrases.txt","r")
wordCount={}
for word in file.read().split():
newWord = word.lower()
if newWord not in wordcount:
wordcount[newWord]=1
else:
wordcount[newWord]+=1
print(wordcount)
По сути, вы будете хранить в dict, где ключи - это строчные версии каждого слова.
Обратите внимание, что вы потеряете «данные», если будете выполнять операции с учетом регистра.