CPANEL с AutoSSL (Let Encrypt) добавляет автоматический RewriteCond в htaccess из-за .well известной папки и постоянно обновляет файл htaccess каждые X минут, поэтому вы не можете удалить «хорошо известные» строки. Но при таком подходе они прерывают обратную ссылку RewriteRule на RewriteCond.
# www to non-www generic
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/[0-9]+\..+\.cpaneldcv$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/\.well-known/acme-challenge/[0-9a-zA-Z_-]+$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/\.well-known/pki-validation/[A-F0-9]{32}\.txt(?:\ Comodo\ DCV)?$
RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [R=301,L]
Приведенный выше пример не работает как видимый, поскольку% 1 ссылается на последний RewriteCond, а не на первый, где мы фильтруем хост с помощью регулярного выражения.