Не уверен, что понимаю вопрос, но это может ответить на него.
# Generate preference matrix
P <- matrix(1:100,nrow = 10)
P
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
#> [1,] 1 11 21 31 41 51 61 71 81 91
#> [2,] 2 12 22 32 42 52 62 72 82 92
#> [3,] 3 13 23 33 43 53 63 73 83 93
#> [4,] 4 14 24 34 44 54 64 74 84 94
#> [5,] 5 15 25 35 45 55 65 75 85 95
#> [6,] 6 16 26 36 46 56 66 76 86 96
#> [7,] 7 17 27 37 47 57 67 77 87 97
#> [8,] 8 18 28 38 48 58 68 78 88 98
#> [9,] 9 19 29 39 49 59 69 79 89 99
#> [10,] 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
# Removed for example with smaller matrix
taken= c(1,2,5, 10)
# Set taken rows to NA
P[taken,1:dim(P)[2]] = NA
P
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
#> [1,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [2,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [3,] 3 13 23 33 43 53 63 73 83 93
#> [4,] 4 14 24 34 44 54 64 74 84 94
#> [5,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
#> [6,] 6 16 26 36 46 56 66 76 86 96
#> [7,] 7 17 27 37 47 57 67 77 87 97
#> [8,] 8 18 28 38 48 58 68 78 88 98
#> [9,] 9 19 29 39 49 59 69 79 89 99
#> [10,] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA