Если вы хотите получить пользователя, который был softDeleted. Вы должны использовать метод withTrashed. Поэтому, если вы хотите найти пользователя softDeleted с токеном, вы должны написать что-то вроде этого кода ниже:
$user = User::whereToken($token)->withTrashed()->first();