Вы не можете остановить VS от попыток обновить проект. Когда VS обнаруживает, что файл проекта недостаточно высок для его версии, он инициирует обновление. Если вы отмените его, вы не сможете открыть проект.
Я считаю, что лучше всего использовать два файла проекта; 1 за каждую версию визуальной студии. Я обычно просто копирую все файлы проекта, открываю один и перестраиваю решение.