Это потому, что у вас есть несколько моделей, но все они имеют один и тот же идентификатор, в результате чего модальным становится последний идентификатор.
Измените модальную ссылку и код модели следующим образом
<a href="javascript:;" data-user='{!! $administrator->id !!}'
data-toggle="modal"
data-target="#remove_permission_{{$administrator->id}}"
data-accent="alert"
class="atrium-button--text remove_superadmin_btn">
<svg width="18" height="18" viewbox="0 0 18 18"><use xlink:href="#icon-delete">
</use</svg>
<span>Remove Permission</span>
</a>
Модальный:
<div id="remove_permission_{{$administrator->id}}" class="modal fade" role="dialog">
<div class="modal-dialog">
<!-- Modal content-->
<div class="modal-content">
<div class="modal-header">
<h4 class="modal-title">Remove Permission</h4>
</div>
<div class="modal-body">
<p>Are you sure you want to remove the super-admin permissions from {{ $administrator->id }}</p></br>
<form action="/admin/admin/superadmins/remove/{{ $administrator->id}}" method="POST">
{{ csrf_field() }}
{{ method_field('PUT') }}
<button type="submit" class="atrium-button">
<svg width="18" height="18" viewbox="0 0 18 18"><use xlink:href="#icon-check"></use></svg>
<span>Remove Permission</span>
</button>
<a class="atrium-button--subtle" data-accent="alert" data-dismiss="modal">
<svg width="18" height="18" viewbox="0 0 18 18"><use xlink:href="#icon-close"></use></svg>
<span>Cancel</span>
</a>
</form>
</div>
</div>
</div>
</div>