Думаю, у вас нет четкого понимания, что такое экземпляр EC2.
Думайте об экземпляре EC2 как о виртуальной машине. Ни меньше, ни больше.
Вы можете установить желаемую ОС и приложение, таким образом, сделав один EC2 мастером для базы данных SQL и другой экземпляр EC2 для его ведомого, например.
Надеюсь, это поможет.