Не напрямую. CKRecordValue поддерживает только несколько предопределенных типов и не содержит пользовательских типов (см. https://developer.apple.com/documentation/cloudkit/ckrecordvalue?language=objc).
Вы должны найти способ сопоставить свою древовидную структуру с кучей этих типов и написать свою собственную логику сериализации / десериализации.
Конечным типом CKRecordValue является NSData, что означает, что ваше дерево хранится в виде двоичного BLOB с любой структурой, которую вы хотите.
Это зависит от задачи, какая структура является лучшей. Например, если вы уже знаете, как преобразовать свое дерево в JSON, проще всего загрузить его как NSString или NSData.