Почти наверняка это тайм-аут или проблема с памятью. Единственное ограничение PHPExcel для размера листа составляет 65 536 строк и 256 (IV) столбцов (при использовании Excel5 Writer); или 1 048 576 строк и 16 384 (XFD) столбцов (при использовании модуля записи Excel2007).
Убедитесь, что ведение журнала ошибок всегда включено ... используйте блоки try / catch для перехвата любых исключений PHPExcel. И прочитайте темы обсуждений сайта PHPExcel о памяти и производительности.