Ваш APK-файл может содержать только один AndroidManifest.xml файл, но ваш проект Android Studio может содержать несколько - предоставляемых основным исходным набором, вариантами сборки и импортированными библиотеками.Поэтому при сборке приложения сборка Gradle объединяет все файлы манифеста в один файл манифеста, который упакован в ваш APK.
Инструмент слияния манифеста объединяет все элементы XML из каждого файла, следуя некоторой эвристике слияния и подчиняясь слияниюпредпочтения, которые вы определили с помощью специальных атрибутов XML.
Я включил сводку о манифесте слияния .
Подробнее об этом можно прочитать здесь