Нет, сеанс службы регистрируется еще до загрузки исполняемого файла. Единственный способ указать учетную запись, под которой работает служба, - это ввести имя пользователя и пароль службы.
Однако вы можете использовать LogonUser и WindowsIdentity.Impersonate, чтобы поток в вашей службе работал от имени конкретного пользователя. Однако, как говорит JP, он должен храниться надежно - с использованием шифрования и, вероятно, в безопасном месте в реестре, а не в файле app.config.
Вы также можете выдать себя за клиента, используя WCF или AuthenticatedStream и т. Д.