Замените ваш последний цикл следующим:
for (int i = 0; i < moduleNames.size(); i++) {
mapKeys = moduleNamesWithAllParameters.get(moduleNames.get(i)).size();
System.out.println(mapKeys);
}
Или немного аккуратнее:
for(String key : moduleNamesWithAllParameters.keySet()) {
System.out.println(moduleNamesWithAllParameters.get(key).size());
}
Или даже аккуратнее (Java 8+):
moduleNamesWithAllParameters.stream().forEach(entry ->
System.out.println(entry.getValue().getSize())
);
Или цикл с использованием valueSet
(поскольку вы фактически не используете ключ):
for(List<String> value : moduleNamesWithAllParameters.valueSet()) {
System.out.println(value.size());
}
Или, если вам так нравится (Java 8+):
moduleNamesWithAllParameters.valueSet().stream().map(List::size).forEach(System.out::println);