Это значение, по крайней мере в Windows, является устаревшей кодовой страницей, используемой для текста не в Юникоде. Это то, что ОС преобразует строки в и из когда вы используете старые API ANSI. Для любой более новой программы это должно не иметь никакого эффекта (при этом я все еще вижу достаточно программ, которые используют A, а не W варианты API-функций, к сожалению).
Для вашей Java-программы все это не должно иметь значения, поскольку Java использует исключительно Unicode. Если вы хотите писать или читать текстовые файлы на системной кодовой странице, тогда вам это понадобится.
Однако для командной строки эта кодировка не имеет существенного значения, поскольку консоль по умолчанию использует кодировку OEM, которая имитирует одну из возрастов DOS (850 или 437 довольно распространено).