Так что вам нужно добавить записи NS из AWS HostedZone в ваши записи NS для domain.com, не перезаписывать записи, убедитесь, что добавили. Это все, что вам нужно сделать, вы можете проверить, используя:
dig NS domain.com
Это должно вернуть записи сервера имен aws, если он работает правильно.