Просто замените words на вашу строку.result - это последняя строка, все значения которой объединены новой строкой.
var words = "01 ABCDE\n02 ABCDE\n03 ABCDE\n04 ABCDE\n05 ABCDE\n06 ABCDE\n07 ABCDE\n08 ABCDE\n09 ABCDE";
// we split the file into an array using the new lines as the split point
var lines = words.split(/\r?\n/);
for (var i = 0; i < lines.length; i++) {
// we take every third line and delete all the chars from 3 and beyond
if (i > 0 && i % 3 === 0)
lines[i] = lines[i].substring(0, 2);
}
// we join the values again
result = lines.join('\n')