У меня была похожая проблема в Mac OS High Sierra.После попытки установки других решений и установки пакетов я пытаюсь вернуться к стабильной версии (и времена, когда мой код работает :)), вот решение:
В терминале
1) перейдите в вашу среду conda.Сделайте это, активировав среду conda:
source activate [your_environment_name]
2) Установите gdal с определенной библиотекой libgdal:
conda install -c conda-forge gdal "libgdal<2.0"
Для информации: Это решение я нашел на комментарий сделаноDannguyen прокомментировал 22 мая 2016 года.