С первой попытки я включил только систему / приложение / модели, систему / приложение / контроллеры, систему / приложение / помощники и систему / приложение / библиотеки. Я выбрал эти папки, потому что я думаю, что эти папки содержат код, который вы хотите правильно задокументировать для дальнейшего использования. Какие другие папки, по вашему мнению, должны быть включены?
Быть тщательным с точки зрения вашего собственного кода. Я бы порекомендовал следующие папки и там, где это необходимо, аннотировал:
Я думаю, что вы это покрыли. Остальное, вероятно, уже задокументировано в документации CodeIgniter.
Если вы добавляете какой-либо плагин / библиотеку / все, что требуется, чтобы находиться вне этих папок, убедитесь, что вы добавите их позже.