В производственном процессе они оба абсолютно одинаковы - аннотации и / или файлы конфигурации маршрутизации (будь то yaml, xml или php sourced) все скомпилированы в оптимизированное регулярное выражение, которое сопоставляется из пути URL с действием контроллера.
Я склонен в основном к аннотациям на действиях контроллеров (сохранение конфигурации близко к действиям, как аннотации phpdoc) и файлам маршрутизации yaml для более общих других маршрутов, таких как перенаправления.
Это полностью ваш выбор относительно того, где они находятся.