Я не могу найти документацию по этой таблице на https://flywaydb.org и в Google. Это не похоже на секунды. Я склонялся к Миллисекундам, но записал время выполнения элементы в форме mm:ss.SSS не совпадают с числами в таблице SCHEMA_HISTORY, хотя они близки.
mm:ss.SSS
SCHEMA_HISTORY
Поле execution_time измеряется в миллисекундах:
execution_time
/** * The execution time (in millis) of this migration. */ private final int executionTime;
Источник: flyway исходный код