Я не уверен насчет ошибки, которую вы получаете, но, глядя на ваши сущности, могу сказать, что отображение отношений неверно.
Вы отображаете @OneToMany в сущности папки, но как насчет @ManyToOne в сущности файла?
также определите атрибут mappedBy, чтобы он работал ожидаемым образом.
Folder.java
@OneToMany(targetEntity=File.class,cascade=CascadeType.ALL,fetch=FetchType.EAGER,mappedBy="file")
@JoinColumn(name="assign_code",referencedColumnName="assign_code")
private Set<Folder> folder;
File.java
@ManyToOne
private File file;
//getter and setter