Вы не можете этого сделать, по крайней мере, не так, как вы думаете.
AlertDialogs добавляются в окно вашей деятельности, а не в отдельное окно.Добавление вида в WindowManager добавляет его в новое окно.Вы не можете «внедрить» окно в другое.
Один из способов, которым вы могли бы сделать это, - просто добавить представление в свою активность.Сделайте корень Activity как FrameLayout, затем поместите ваш фактический макет Activity в этот FrameLayout.Затем просто добавьте View к этому корневому FrameLayout.