Если вы включите флаг --dry-run, это проверит вашу команду rclone без изменения или передачи каких-либо файлов.
Из документации по rclone для пробный прогон :
-n, --dry-run
Выполните пробный запуск без постоянных изменений. Используйте это, чтобы увидеть, что будет делать rclone, фактически не делая этого. Полезно при настройке команды синхронизации, которая удаляет файлы в месте назначения.
Попробуйте опустить этот флаг и снова запустить команду, например так:
rclone sync -v "/var/html/**" "Yandex:Backups/git"